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Core-lab di bioinformatica e genomica (BGcore)

Core lab logo

Il core-lab di bioinformatica e genomica (BGcore) è una struttura  presente all’ interno delle Facilities MBC che ha come scopo quello di fornire supporto a ricercatori sia interni che esterni per generare e analizzare  dati  genomici  o di trascrittomica. Nello specifico, BGcore ha un’estesa esperienza nel processamento di campioni "difficili" e fornisce un supporto completo ai ricercatori lungo tutto il percorso di ricerca dalla progettazione sperimentale al data mining [ referenze da 1 a 9]. 

Applicazioni e servizi

Le librerie di sequenziamento sono preparate presso MBC e vengono fatte correre su NextSeq 500, uno degli strumenti Open- Lab  dell'Università di Torino. Per gli studi sull'intero genoma BGcore ha accesso a NovaSeq presso l'IIT di Genova. I dati generati dai sequenziatori vengono ulteriormente  analizzati su macchine C3S (centro HPC dell'Università di Torino) utilizzando workflow appositamente sviluppare da BGcore [referenze da 10 a 15].

Il core-lab di Bioinformatica e Genomica (BGcore) è diretto dal Prof. Raffaele A Calogero, uno scienziato con un'esperienza pluriennale nel campo della bioinformatica e della trascrittomica. Il Prof. Calogero è anche il co-fondatore del progetto di Reproducible-bioinformatics (http://reproducible-bioinformatics.org/), una comunità dedicata allo sviluppo di flussi di lavoro di analisi dei dati robusti e riproducibili.

Strumentazioni e specifiche tecniche

Strumentazioni

Illumina® NextSeq™ 500 system High-throughput sequencing permette di sequenziare esomi , interi genomi trascrittomi e supporta TruSeq™, TruSight™ e Nextera™ libraries.

Supporto al Disegno sperimentale

BGcore fornisce una sessione di supporto per la progettazione sperimentale gratuita, di solito circa 4 ore di incontro con il ricercatore in cui BGcore entra nella questione sperimentale che deve essere affrontata dagli studi di genomica / trascrittomica. Successivamente, BGcore fornisce entro tre giorni dall'incontro una proposta per un ottimale disegno sperimentale. Entro altri tre giorni BGcore incontra il ricercatore per perfezionare il design dell'esperimento.

Preparazione delle librerie

Il costo della preparazione di una libreria dipende dal tipo di kit da utilizzare, dalla profondità di sequenziamento e dal numero di campioni da eseguire (per un preventivo rivolgersi a raffaele.calogero@unito.it).

Protocolli supportati:

  • Qualsiasi bulk RNA-seq,
  • circRNA-seq,
  • caratterizzazione del trascrittoma delle vescicole extracellulari (codificanti, trascritti non codificanti, miRNA)
  • single cell spatial transcriptomics (piattaforma visium, 10XGenomics)

Analisi bioinformatica

  • La conversione dei file BCL in fastq e la conversione in conteggi / TPM / FPKM è gratuita.
  • Sulla base del disegno sperimentale viene stimato il numero di ore lavorative da dedicare all'analisi.
  • Nell'ambito del supporto bioinformatico, BGcore fornisce l'archiviazione dei dati fino a 1 Tb o consegna i dati complessivi su un hard disk.
  • BGcore fornisce anche tutte le parti realizzate dalla struttura come materiale pronto all'uso e metodi da utilizzare per la pubblicazione, gratuitamente.

Analisi supportate:

  • Da fastq a analisi di espressione differenziale per qualsiasi esperimento di RNAseq.
  • Data mining per geni espressi in modo differenziale, ad es. integrare tra loro dati provenienti da omiche diverse, GSEA, rilevamento dei network di regolazioni dei geni.
  • Analisi e mining dei dati a cella singola, qualsiasi piattaforma.
  • Analisi dei circRNA.
  • Workflow personalizzati, ad es. approcci di deep learning per rilevare reti di regolazione genica,  integrazione multi-omica/ fenotipo, ecc.

Contattare il prof. Raffaele A. Calogero
presso MBC - Via Nizza 52, Torino 10126
tel. ++39 0116706454
email: raffaele.calogero@unito.it

Tariffario

Prof. Raffaele A. Calogero

  • Bioinformatics and Genomics Unit
  • Dipartimento di Biotecnologie e Scienze della Salute
  • Via Nizza 52, Torino 10126
  • tel. ++39 0116706454
  • Fax ++39 0112366454
  • Mobile ++39 3333827080
  • email: raffaele.calogero@unito.it
  • raffaele[dot]calogero[at]gmail[dot]com


 

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  3. Quaglino E, Rolla S, Iezzi M, Spadaro M, Musiani P, De Giovanni C, Lollini PL, Lanzardo S, Forni G, Sanges R et al: Concordant morphologic and gene expression data show that a vaccine halts HER-2/neu preneoplastic lesions. The Journal of clinical investigation 2004, 113(5):709-717.
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  13. Beccuti M, Carrara M, Cordero F, Lazzarato F, Donatelli S, Nadalin F, Policriti A, Calogero RA: Chimera: a Bioconductor package for secondary analysis of fusion products. Bioinformatics 2014, 30(24):3556-3557.
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  15. Carrara M, Lum J, Cordero F, Beccuti M, Poidinger M, Donatelli S, Calogero RA, Zolezzi F: Alternative splicing detection workflow needs a careful combination of sample prep and bioinformatics analysis. BMC bioinformatics 2015, 16 Suppl 9:S2.
Ultimo aggiornamento: 09/10/2024
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